Сергей Иванович Гончарук родился 4 ноября 1923 года в селе Духовское Спасского района Приморского края в семье выходцев из Черниговской губернии. Среднюю школу окончил в 1940 году.
В Советской армии служил с апреля 1941 по январь 1946 года.
В апреле 1941 года Гончарука направили в школу младших военных специалистов 29-й авиадивизии, затем механиком в авиаполк. Воевал на Белорусском фронте мотористом, затем диспетчером авиаполка. Награждён орденом Отечественной войны 1 степени и многими медалями.
В 1951 году окончил Философский факультет МГУ, получив диплом с отличием. Учёные степени кандидата и доктора философских наук присвоены в 1954 и в 1975 годах.Работал старшим преподавателем на кафедрах философии Донецкого и Черниговского педагогического институтов. (1958),С 1954 года работал доцентом, заведующим кафедрой, профессором кафедр философии ряда вузов Москвы и Академии наук СССР и России.
С 1958 по 1973 год — доцент кафедры философии Московского института инженерно-железнодорожного транспорта.
С 1978 года — профессор кафедры философии РАН Опубликовал более 100 научных работ.
С 1995 года и до смерти — профессор в Российском государственном социальном университете.С. И. Гончарук известен как исследователь проблем общественных законов и методологии научного познания.
В последние годы разрабатывал проблемы законов общества с позиции системного метода и принципа целостности.