Родился 5 ноября 1830 года в Балтиморе (штат Мэриленд). Старший сын Жерома Наполеноа Бонапарта-Патерсона (1805—1870) и Сьюзан-Мэй Вилльямс (1812—1881), дочери богатого коммерсанта из Балтимора. Внук Жерома Бонапарта, короля Вестфалии и младшего брата французского императора Наполеона I.
В 1848 году Жером Наполеон Бонапарт поступил в военную академию в США в Вест-Пойнте, которую закончил в 1852 году. После обучения он служил вторым лейтенантом в Третьем кавалерийском полку в Техасе. Его письма из Форта Инги и Форта Юэлл хранятся в Историческом обществе штата Мэриленд.
В августе 1854 года Жером Наполеон Бонапарт оставил военную службу и по приглашению императора Наполеона III переехал из США во Францию, где поступил на военную службу вторым лейтенантом в Седьмой драгунский полк.
Он участвовал в Крымской войне с Россией, а также воевал в Алжире в 1856 и 1857 годах.
В 1857 году его перевели (в чине капитана) в Первый африканский стрелковый полк, и он принимал участие в сражениях при Монтебелло и Сольферино.
Он состоял в штабе французского императора и получал награды: Крымскую медаль, медаль ордена Почетного легиона, Орден Меджидие (османский орден), медаль за участие в Итальянской кампании и др.
В августе 1870 года Жером Наполеон Бонапарт участвовал во Франко-прусской войне, служа в драгунской полке императрицы Евгении. После взятия Парижа и свержения монархии он покинул французскую службу и вернулся в США в 1871 году.Скончался от рака желудка в 1893 году.