Дж. Рейнольдс. Портрет Чарлза Берни, 1781Дочь известного историка музыки, органиста и композитора Чарлза Берни и матери французского происхождения и католического вероисповедания (её отец, дед Фанни по фамилии Дюбуа, был французским эмигрантом в Англии).
В десятилетнем возрасте Берни потеряла мать; мачеха (отец вторично женился в 1766) не пользовалась её любовью, как и любовью остальных пятерых детей (старший брат Фанни Джеймс стал впоследствии адмиралом и сопровождал Кука в двух его последних путешествиях). Отец отдавал предпочтение другим дочерям, Фанни, росшая одиночкой, поздно научилась письму.
Она вообще была самоучкой, тогда как двух её сестёр отправили на учёбу в Париж: школой Фанни стала библиотека отца, прежде всего — сочинения Плутарха и Шекспира.
В 16 лет она начала вести дневник.Берни с юности входила в высшие круги Лондона, постоянно общалась с Сэмюэлом Джонсоном, Бёрком, Рейнолдсом и др., была членом женского кружка «Синие чулки» , где, кроме перечисленных, регулярно бывали актёр Дейвид Гаррик, писатели Ричардсон, Джеймс Босуэлл, Хорас Уолпол, Джоанна Бейли, Элизабет Картер и др.
В 1786 она была назначена второй хранительницей гардероба королевы Шарлотты и оставалась в этой должности до 1790, покинув её по состоянию здоровья и сохранив хорошие отношения с королевским двором.
В 1792 познакомилась с французским генералом Александром Д"Арбле, только что эмигрировавшим в Англию, сблизилась с кружком французских-эмигрантов в Лондоне. Д"Арбле представил Берни госпоже де Сталь.
В 1793 Берни и Д"Арбле поженились, в 1794 у них родился сын.
В 1801 генерал был призван на службу Наполеоном Бонапартом, жена и сын сопровождали его в Париж.
В связи с начавшейся войной между Францией и Англией семья была на десять лет (1802—1812) интернирована во Франции. У Берни развился рак груди, она перенесла тяжелую операцию без наркоза, написала о ней, по своей привычке, подробный отчёт (см.: ).
В 1815 генерал Д"Арбле в составе британской королевской гвардии участвовал в военных действиях против Наполеона, покинувшего остров Эльба (Сто дней), был ранен. Берни, уезжавшая в Лондон похоронить отца (1814), присоединилась к поправлявшемуся после ранения супругу в Трире, в 1815 они вместе вернулись в Англию. После смерти мужа (1818) Берни больше не занималась литературой.
В 1832 она издала отцовские «Воспоминания» .