В 1932 году вместе с родителями переехала в Москву. Отец — Григорий Георгиевич Башмаков, ученик П. И. Новгородцева, главы московской школы философии права, работал в Москве адвокатом. Мама — Анна Ивановна, урожденная Аладжалова.Изабелла Башмакова с детства увлекалась поэзией, особенно отдавая предпочтение Пушкину и Тютчеву. Была лично знакома с Б. Л. Пастернаком и многими другими, менее известными поэтами. Сама писала стихи и выбирала между математикой или поэзией.
В 1938 году всё же поступила на механико-математический факультет Московского государственного университета.После начала Великой Отечественной войны вместе с МГУ уехала в эвакуацию в Ашхабад. Работала медицинской сестрой в военном госпитале в Самарканде.Вскоре после возвращения из эвакуации она познакомилась с математиком Андреем Ивановичем Лапиным, который стал её мужем и оказал на неё огромное влияние. От него переняла она глубокий интерес к античности, они вместе работали над рядом проблем и совместно публиковали статьи о результатах работы — почти все научные проблемы они обдумывали вместе.
В это же время произошло её знакомство с С. А. Яновской, под руководством которой она стала заниматься историей математики. Центральной темой научной работы И. Г. Башмаковой стала история математики в России и в Древней Греции, история алгебры и теории чисел.
В 1944 году окончила МГУ, с 1948 года преподает в нём, прочитала курс лекций по истории математики, с 1949 года — доцент механико-математического факультета Московского университета.
В 1948 году защитила кандидатскую диссертацию «Из истории теории делимости» , в которой провела анализ математических книг «Начал» Евклида и показала, что Евклид различал «числа-кратности» и «числа-отрезки» и дал вполне строгое построение арифметики. Кроме того, рассмотрела дальнейшее развитие теории делимости до работ Р. Дедекинда, Л. Кронекера и Е. И. Золотарева, уделив особое внимание до сих пор недооцениваемым на Западе локальным методам Золотарева.
В дальнейшей работе провела исследования работ Архимеда, истории диофантова анализа, вместе с И. Н. Веселовским осуществила издание русского перевода «Арифметики» Диофанта, снабдив его подробными комментариями (1974).Результаты И. Г. Башмаковой вошли в общие курсы по истории математики.Цикл исследований по античной математике составил содержание докторской диссертации И. Г. Башмаковой, которую она защитила в 1961 году.
В 1968 году ей присвоено звание профессор.
В 1966 году избрана членом-корреспондентом, а в 1971 году — действительным членом Международной академии истории науки.Работала в научно-исследовательском семинаре по истории и методологии математики Московского государственного университета, со временем стала одним из его руководителей (вместе с С. А. Яновской, А. П. Юшкевичем и К. А. Рыбниковым), во многом определяла успешную работу этого семинара, с 1930-х годов ставшего центром историко-математических исследований в нашей стране.Читала также специальные курсы по различным вопросам истории математики (по истории коммутативной алгебры, диофантова анализа и др.) для студентов механико-математического факультета МГУ. Подготовила более 20 кандидатов наук.