Фарид Алекперли родился 3 января 1964 г в городе Гянджа в семье ученых. Окончил среднюю школу № 134 в г. Баку (1981), биологический факультет Азербайджанского государственного университета (1986), двухгодичные курсы персидского языка при Азербайджанском педагогическом институте иностранных языков (1988).
В 1992 г получил звание кандидата биологических наук, защитив диссертацию на тему "Сравнительный анализ лекарственных растений средневекового (XIII—XVIII вв.) и современного Азербайджана.
В 1998 г был удостоен звания доктора исторических наук, защитив диссертацию на тему «Арабописьменные источники X—XVIII вв об охране здоровья в средневековом Азербайджане» .
В 2003 г был назначен заведующим отделом Перевода и информации Института рукописей НАН Азербайджана.
В 2004—2005 гг работал над проектом включения рукописей из коллекции Института в программу ЮНЕСКО «Память Мира» , завершившимся внесением в реестр программы 3 уникальных средневековых арабских и персидских рукописей по медицине.
В 2005 г вместе с коллегами основал первую в Азербайджане «Ассоциацию Историков Медицины» и был избран её президентом.. 1-2 февраля 2005 г положил начало проведению в стране мероприятий, посвященных истории медицины, организовав 1 Республиканскую Конференцию «Проблемы истории медицины в Азербайджане» .. 12-14 июня 2006 г был сопредседателем первой международной конференции по истории медицины, организованной Фондом Гейдара Алиева: 1-я Международная Конференция «Медицина и фармация в средневековых рукописях» .
В 2011—2013 гг был командирован в Ватикан для изучения средневековых письменных источников в Апостольской библиотеке и Секретных Архивах Ватикана.