Родился 13 июня 1934 года в городе Харьков.
В 1956 году окончил Харьковский политехнический институт, радиотехнический факультет.
С 1956 года работал инженером в специальном конструкторском бюро ОКБ-692 (НПО «Электроприбор» ), впоследствии реорганизованное в ОАО «Хартрон» .
С 1990 года генеральный конструктор — генеральный директор ОАО «Хартрон» .
С 1995 года Генеральный директор и генеральный конструктор научно-производственного объединения «Хартрон» .Среди наиболее известных проектов, разработанных под руководством Якова Айзенберга – старты самой совершенной в мире стратегической ракеты SS-18 «Сатана» , сверхтяжелой ракеты-носителя «Энергия» , создание и запуск функционально-грузового блока «Заря» , положившие начало строительству новой Международной космической станции.
В октябре 2000 года автомобиль, в котором Яков Ейнович ехал в Киев, неподалеку от города Валки врезался в дерево. Яков Ейнович получил сотрясение мозга, переломы ключицы и ребра, долгое время находился на лечении в отделении нейрохирургии Харьковской областной больницы.
В январе 2002 года подал в отставку и уехал в Израиль, где жили его дети. Умер Яков Ейнович Айзенберг 3 июля 2004 года, похоронен в городе Раанана, в 15 км от Тель-Авива.