Мемориальная доска Ц. Агаяна в ЕреванеВ 1938 году окончил исторический факультет МИФЛИ, затем — Ереванский педагогический институт.
В 1941 году окончил аспирантуру исторического факультета Московского государственного университета имени Ломоносова и защитил кандидатскую диссертацию, после чего до 1948 года работал в филиале института истории АН СССР г. Баку.
В 1948 году защитил докторскую диссертацию на тему «Крестьянская реформа в Азербайджане» (издана в Баку, 1956).
В 1948—1951 — старший научный сотрудник Института истории АН Армянской ССР.
В 1951—1954 гг. — заведующий отделом науки и культуры ЦК Компартии Армении.
В 1954—1961 гг. — заведующий отделом новой истории Института истории АН Армянской ССР.
В 1961—1968 гг. руководил Армянским филиалом Института марксизма-ленинизма при ЦК КПСС.
В 1963—1971 гг. — член ЦК КП Армении, в 1971—1980 гг. — член Контрольной комиссии ЦК КП Армении.
В 1972—1979 гг. — заведующий отделом новой истории Института истории АН Армянской ССР.1977—1982 гг. — заведующий кафедрой истории КПСС Ереванского государственного университета.Член-корреспондент АН Армянской ССР (1950). Действительный член АН Армянской ССР (1963).
С апреля 1968 года — академик-секретарь Отделения общественных наук АН Армянской ССР.Избирался депутатом Верховного Совета Армянской ССР VI и VII созывов. Главные темы исследований: история общественной мысли, аграрных отношений в XIX веке, история революционного движения и социалистического строительства.