Из еврейской семьи. Архитектурное образование П. Айзенман получил в Корнеллском университете (бакалавр архитектуры); в Высшей Школе Архитектуры Колумбийского университета (магистр архитектуры); а также защитил диссертацию в Кембридже.
В 1967 году он основал Институт исследования архитектуры и градостроительства (Institute for Architecture and Urban Studies — IAUS), которым руководил до 1982 года.
В разное время П. Айзенман преподавал в Купер Юнион, Принстонском и Йельском университетах, он был учителем Даниэля Либескинда, из его архитектурного бюро вышли лидеры «блобмейстеров» — Грег Линн (Greg Lynn), Джеф Кипнис (Jeff Kipnis), Марк Уигли (Mark Wigley), Сэнфорд Квинтер (Sanford Kwinter).