Родился в селе Николаевка (Ганское) Ананьевского уезда Херсонской губернии 8 (20) июля 1870 года. Происходит из дворянского рода Ганских.Учился в Ананьевской гимназии(1883—1886), затем — в Ришельевском лицее (1886—1890), окончив который поступил на физико-математический факультет Новороссийского университета по отделению математических наук.
В 1891 году перешёл в Московский университет, но в начале 1892 года по семейным обстоятельствам вернулся в Новороссийский, который и окончил в 1894 году. Затем, с 1897 года, учился в Сорбонне по классу астрономии, математики и физики. Работал в Медонской обсерватории под Парижем.
С 1905 года — сотрудник Пулковской обсерватории. Инициатор создания Симеизского отделения Пулковской обсерватории (1908).Могила ГанскогоТрагически погиб в Симеизе 29 июля (11 августа) 1908 года. Похоронен на Поликуровском кладбище в Ялте. Основные научные исследования относятся к физике Солнца. Участвовал в экспедициях на Новую Землю, в Испанию и в Среднюю Азию для наблюдения полных солнечных затмений.
В 1897—1905 годах совершил 9 восхождений на Монблан для определения солнечной постоянной, внезатмениых наблюдений солнечной короны, наблюдений Венеры.
В 1897 году указал на изменения формы солнечной короны в 11-летнем солнечном цикле. Участвовал в русских экспедициях на Шпицберген (1899, 1901) для градусных и гравиметрических измерений. Получил исключительные по качеству фотографии солнечных пятен, обнаружил зависимость формы солнечной короны от количества пятен.
В 1905 году установил, что средняя продолжительность жизни отдельных фотосферных гранул составляет 2-5 минут, затем они распадаются и заменяются новыми.Вице-президент Русского астрономического общества, секретарь Русского отделения Международной солнечной комиссии. Награждён медалью им. П. Ж. С. Жансена Парижской академии наук (1904) и орденом Почётного легиона Франции. Его именем назван лунный кратер Ганский (Ganskiy (англ.)) и малая планета (1118 Hanskya), открытая С. И. Белявским и Н. Ивановым 29 августа 1927 года в Симеизской обсерватории.Примечания Некролог А. П. Ганского. // Исторический вестник. — 1908, октябрь. — Т. 114. — С. 372 Как указал Г. А. Тихов в 1908 году «однажды Алексей Павлович пошёл купаться на море. При сильном прибое его ударило головой о камень.
Он потерял сознание и утонул» . Здесь же он указал возраст Ганского — 36 лет (). Профиль А. П. Ганского на сайте Родовое гнездо