Джаганнатха Варма родился в 1939 году в городке Чертхала[en] (ныне в округе Аллеппи штата Керала). Был третьим из пяти детей в семье .mw-parser-output .ts-comment-commentedText{border-bottom: 1px dotted;cursor: help}@media(hover: none){.mw-parser-output .ts-comment-commentedText: not(.rt-commentedText){border-bottom: 0;cursor: auto}}Текедату Ковилакам Керала Варма Тампурана и Каттунал Ковилакам Амбалики. У него было три брата Равиндранатха, Маллинатха и Сурендранатха и младшая сестра Прабхавати. Джаганнатха закончил колледж Махатмы Ганди[en] в Тривандраме со специализацией в ботанике и зоологии.
С 11 лет он вместе со своим младшим братом Сурендранатхой обучался танцевально-драматическому искусству катхакали у Паллипурам Гопалан Наир Асана.
С 14 лет он начал вступать на сцене, играя преимущественно женских персонажей. Его любимой ролью была Кунти в постановке Karna Sapatham.
Он мог бы стать профессиональным артистом, но получил работу младшего инспектора полиции.Джаганнатха поступил на службу в полицию в 1963 году и ушёл в отставку через тридцать с лишним лет, будучи в должности суперинтенданта.Однако мыслей об актёрстве он не оставлял и искал любую возможность сняться в кино. Первое время его преследовали неудачи: продюсер снимал с роли, посчитав что ему не было оказано должного уважения; съёмки отменялись или фильм так и не добирался до проката.
В 1978 году он, наконец, появился на большом экране, сказав всего пару слов, в эпизодической роли судьи в фильме Maattoly режиссёра А. Бхим Сингха[en].
С тех пор он снялся во множестве фильмов, в различных источниках их число колеблется от 190до 575.
В его репертуаре были в основном роли полицейских, адвокатов, высших чинов и священников.Среди наиболее запомнившихся — уважаемый гуру катхакали в фильме Rangam (1985), жестокий политик в New Delhi (1987), шестидесятилетний старик-многоженец в Parinayam (1994) и привередливый владелец газеты в Pathram (1999).Его последней работой в кино стал фильм Dolls, вышедший в 2013 году.
В 2011 его заслуги в области кино были отмечены специальной премией Kerala Film Critics Association Awards[en].Помимо большого экрана Джаганнатха также проявил себя на телевидении.
В 1996 году он дебютировал как телевизионный актёр в сериале Kairali Vilasam Lodge канала Doordarshan.
Он также появился в популярных сериалах Aathira Sooryakalady, Devimahathmyam, Ponnum Poovum и сыграл Раджана Карту в Mangalyapattu.Актёр также не оставил полностью катхакали и периодически принимал участие в театральных постановках вплоть до 1990 года.
В поздние годы своей жизни он начал изучать игру на ченда[en] (барабан) под руководством молодого гуру Кандаллур Унникришнана. А в возрасте 73—74 года он впервые дал сольный концерт-тайямбака[en].Джаганнатха был женат на Сантхе, в браке с которой у него родилось двое детей: сын Ману Варма, актёр телевидения, и дочь Прия, вышедшая замуж за кинорежиссёра Виджи Тампи[en].
В конце 2000-х он потерял зрение на левый глаз в результате несчастного случая на съёмках фильма.Актёр ушёл из жизни во вторник 20 декабря 2016 года в результате сердечного приступа в частной больнице города Нейяттинкара[en], что неподалёку от Тривандрама, куда был доставлен с диагнозом пневмония утром двумя днями ранее.