Родился в среднезажиточной дворянской (шляхетской) семье игуменского уездного судьи Мельхиора Ваньковича и Схоластики Горецкой, сестры известного польского поэта Антония Горецкого.Детские годы прошли в Слепянке (ныне — окрестность Минска). Учился в Полоцком иезуитском коллегиуме, затем в Виленском университете (1818—1824) у Яна Рустема и в Петербургской Академии художеств (с 1824).Позже жил в доме своего брата Эдварда Ваньковича (ныне ул. Интернациональная, дом сохранился), там же бывали его друзья Станислав Монюшко, Винцент Дунин-Марцинкевич и др. Имел усадьбу в тогдашнем пригороде Минска Малой Слепянке (дом не сохранился), где устроил мастерскую.
В 1839 выехал за границу.Имя В. Ваньковича носят улицы в Минске и Гродно.