В 1869 году окончил немецкую гимназию при лютеранской церкви святой Анны в Санкт-Петербурге, в 1874 году — Институт инженеров путей сообщения, где остался для преподавательской и научной деятельности. Инженер путей сообщения.
С 1878 также служил в техническом отделении Главного Общества Российских железных дорог. Со 2 апреля 1881 года Гордеенко — коллежский асессор.
В 1882—1883 годах по его проекту был сооружён железнодорожный мост через реку Тверцу в Торжке. Создал первую в России систему централизации стрелочных переводов, осуществлённую на станции Саблино Николаевской железной дороги в 1885 году. Основоположник автоматики и телемеханики на железнодорожном транспорте, изобретатель первой отечественной централизации стрелок и сигналов.
С 1886 года — экстраординарный профессор, с 1896 года — ординарный профессор, с 1901 года — заслуженный профессор Петербургского института инженеров путей сообщения. Деятельность в Институте совмещал со службой в техническом отделе Главного Общества российских железных дорог, занимаясь разработкой и внедрением в области сигнализации, централизации и блокировки.Член комиссии Русского технического общества «По вопросу о железной дороге через всю Сибирь» (1889—1890).
В 1905 году вышел в отставку с чином действительного статского советника. Член Партии народной свободы, Союза инженеров, Академического союза. За участие в Союзе союзов арестовывался в 1905 году.
В 1906 году создал, затем руководил работой завода «Электромеханика» .
В 1908 года — член Общества вспомоществования недостающим студентам института путей сообщения императора Александра I.
В 1910 году — председатель учебного отдела Санкт-Петербургского общества народных университетов.
С 1912 году — гласный Санкт-Петербургской городской думы.
В 1912—1916 годах — член правления Российского горнопромышленного комиссионного общества.Член Великого востока народов России.
В последние годы жизни работал в Техническом отделе Народного комиссариата путей сообщения в качестве эксперта.