Получил начальное музыкальное образование дома под руководством матери. Обучался игре на фортепиано, изучал музыкально-теоретические предметы параллельно с учёбой в средней школе. Самостоятельно сочинял музыку.
В 1956—1961 гг. учился в Киевской государственной консерватории имени П. И. Чайковского в классе Б. Н. Лятошинского.Композитор-шестидесятник.
В 1960—1970 гг. — участник, так называемой, «Киевской школы» — группы молодых композиторов, возглавляемых дирижёром и музыкальным просветителем Игорем Блажковым, члены которой изучали музыку XX века, их творческие принципы отличались от идейных и эстетических установок официальной советской музыки.Параллельно с композиторской работой преподавал.
В 1961—1963 гг. — преподаватель музыкально-теоретических предметов в Винницком музыкальном училище, в 1963—1974 гг. — в музыкальных школах Киева.
В 1970 году В. Годзяцкий был исключен из Союза композиторов СССР, исполнение его произведений было фактически запрещено.
В 1975—1982 гг. — руководитель эстрадного оркестра кинотеатра им. А. Довженко Киевского объединения музыкальных ансамблей.
В настоящее время преподает в детской музыкальной школе № 27 (с 1982).