Фридрих Герман родился 22 марта 1811 года. Отец его был родом из Дрездена, мать — эльзасска.
В 1818 году он поступил в Петропавловскую школу в Петербурге, которую окончил в 1825-м.
В 1829 году учился у аптекаря. Сдав экзамен на аптекарского помощника, Герман поступил в Медико-Хирургическую академию, которую окончил лекарем с серебряною медалью в 1833 году. Тогда же (9 сентября) он занял место сверхштатного врача в Обуховской больнице и оставался в ней около 60 лет.
В 1840 году Фёдор Фёдорович получил звание штаб-лекаря, а в 1850 году принял русское подданство.Обуховская больница (женское отделение)В 1853 году он был назначен главным врачом женского отделения Обуховской больницы, в 1862 году — главным врачом мужского отделения.
В 1865 году Герман был отправлен в заграничную командировку с научной целью, поводом для которой послужил его учёный труд о «Спинномозговом менингите» , напечатанный в «Спб. Медицинском Обозрении» .
В то же время он был произведен в действительные статские советники.
В 1878 году Герман назначен членом Медицинского Совета МВД.
В 1879 году за заслуги по подготовке сестёр милосердия был награждён орденом Святого Владимира 2-й степени, а в 1883 году произведен в тайные советники и в том же году (9 сентября) в день 50-летия своей службы пожалован кавалером ордена Белого Орла; 1 апреля 1890 года вышел в отставку. Последние годы он почти уже не занимался врачебной практикой.Герман состоял врачом Императорского Человеколюбивого общества (с 1862), детского приюта великой княгини Ольги Николаевны (с 1865).
Он был членом разных учено-врачебных обществ и пользовался заслуженною известностью опытного и искусного врача.
С 1857 года Ф. Ф. Герман был членом немецкого врачебного общества в Петербурге, а с 1874 года — председателем того же общества.
В литературе Герман известен рядом статей (около 30), касавшихся преимущественно практической медицины (исследования о возвратной горячке, о кишечных язвах, о цинге) и этиологии инфекционных болезней в столице. Последним обширным его трудом является «Исторический очерк Обуховской больницы за 100 лет» (СПб., 1884); этот труд даёт богатейший материал для статистики главнейших заболеваний народонаселения Петербурга по наблюдениям Обуховской больницы.Фёдор Фёдорович Герман скончался в городе Санкт-Петербурге 15 ноября 1892 году и похоронен на Волковом лютеранском кладбище.