Родился 21 января 1834 года в Мариенвердере в еврейской семье.
С 1850-по 1852 г учился в Кёнигсбергском университете, в 1853 году учился в Галльском университете и в 1854 году учился в Берлинском университете.
В 1854—1857 годах преподавал в Берлинском университете, в 1857—1859 годах — в Галльском университете.
С 1859 года профессор Бреславльского университета (с 1871-по 1872 год занимал должность ректора).Скончался 13 октября 1897 года в Бреславле.Личная жизньСын Рудольфа Гейденгайна Мартин пошёл по стопам отца, став гистологом и анатомом.