Родился 15 сентября 1904 года в Ташкенте.
В 1921—1924 года учился в ВХУТЕМАС. После завершения учебы Наби работал в кинофабрике «Шарк Юлдузи» (Узбекфильм). Деятельность в кинофабрике начинал с работы советника, помощником ассистента режиссёров.
В то же время играл во второстепенных ролях таких фильмов, как «Последний бек» и «Вторая жена» .
В 1925—1930 года работал директором киностудии по развитию и привлечению талантливой узбекской молодежи. Для неё он написал книги «Киносценарий» и «Киноактер» на узбекском языке.
В 1931 году экранизировал свой первый художественный фильм — «Подъем» .
В 1935 году Ганиев был отстранён решением ЦК ВКП(б) от режиссёрской работы, мотивируя тем, что якобы его работы не внушают доверия.Осенью 1949 года Наби Ганиев тяжело заболел и 29 октября 1953 года ушёл из жизни. Похоронен в Ташкенте, на проспекте Фараби.