Маргарита Габель родилась 13 ноября 1893. Её родители - австрийские поданные, революционеры Орест-Октовиан Мартынович Габель и Августина Станиславовна Синькевич - после ссылки в Иркутскую губернию были поселены в Харькове, где Орест Габель вскоре вошел в правление Харьковской общественной библиотеки. Маргарита воспитывалась вместе со старшими братом Юрием и сёстрами Людмилой и Валерией.
В Харькове М.О. Габель работала библиотекарем и книговедом.
В 1921 году вместе с Константином Рубинским разрабатывала десятичную классификацию для педагогической библиотеки.
В 1934 году в Харьковской научной библиотеке возглавила инициативную группу по поиску редких книг.
В 1940-49 годах заведовала там образованным по её инициативе Отделом редкой и старопечатной книги. Вместе с Ириной Шашковой-Знаменской собрала коллекцию модернистских изданий.
В 1949 году, обвиненная властями в «безродном космополитизме» , была уволена из библиотеки.
В 1946-1953 годах в доме М.О. Габель собирался эрудированный и остроумный круг харьковских гуманитариев (Александр Белецкий, Александр Финкель, Исаак Каганов, Генрих Фризман, Марк Черняков, Ирина Шашкова-Знаменская, Галина Васильева, Сергей Дорошенко): читались стихи, обсуждалась литература и политика, «царила атмосфера творчества» .Маргарита Габель была любимой ученицей и близким другом филолога Александра Ивановича Белецкого (1884-1961), профессора (1920) Харьковского университета, автора работ по истории и теории русской литературы.