Маркус Бюхлер родился в городе Саарлуисе (протекторат Саар, ныне земля Саар на юго-западе Германии) в семье врача-интерниста Ойгена Бюхлера и Эрики Бюхлер. Школьные годы провёл в Диллингене и в католическом интернате Лендер в Засбахе. По его словам, он пошёл в медицину по стопам отца, однако отец ненавидел хирургов, считая, что они только убивают пациентов, которых он направлял в больницу на операции. Поэтому Маркус решил стать хирургом, чтобы доказать отцу, что он сможет делать операции лучше, чем другие.
С 1974 по 1979 Бюхлер изучал медицину в Гейдельбергском университете, с 1979 по 1980 в Свободном университете Берлина, где по окончании учёбы в 1980 году получил лицензию на врачебную деятельность.
В том же году защитил диссертацию на звание доктора медицины в Гейдельбергском университете. Специализацию в области хирургии прошёл в Ульмском университете, где в 1987 году получил хабилитацию и должность старшего врача, а в 1991 году звание профессора. Во время стажировки в Ульме сформировались его интересы к операциям на пищеварительной системе, и в частности на поджелудочной железе.
В 1993 году профессор Бюхлер возглавил кафедру висцеральной и трансплантационной хирургии в клинике Бернского университета.
В 1999 году он стал заведующим отделением заболеваний желудка, кишечника, печени и лёгких в этой клинике.
В 2001 году перешел на медицинский факультет Гейдельбергского университета, где заведует отделением общей, висцеральной и трансплантационной хирургии, а с 2003 года является также управляющим директором университетской хирургической клиники.
С 2005 года заведует по совместительству отделением хирургии в гейдельберской больнице Салем, с 2009 года также отделением хирургии в больнице города Зинсхайма.
Карта сайта
