Родилась 1 марта 1890 года в дворянской семье в Санкт-Петербурге. Отец, Дмитрий Капитонович, банковский служащий, имел чин коллежского советника. Мать, Анна Николаевна, урождённая Вульф, обладала прекрасным голосом и была музыкально одарённым человеком.
В детстве и юности вместе со старшей сестрой Варварой, впоследствии известной художницей и искусствоведом, часто бывала в имении деда по материнской линии Н. И. Вульфа в селе Берново Старицкого уезда, в этом имении у своих друзей Вульфов бывал когда-то А. С. Пушкин.
В 1904—1911 годах училась в Петербургской консерватории по классу скрипки (ведущий профессор Л. Ауэр). По окончании консерватории преподавала музыку и концертировала.
В 1915 году вышла замуж за японца Оно Сюнъити[ja], будущего зоолога, в то время студента-вольнослушателя естественного факультета Петербургского университета, и переехала в Японию.
В Японии Анна Бубнова-Оно занялась популяризацией европейской музыки, открыв в своем доме детскую музыкальную школу; среди её первых учениц известные в дальнейшем музыканты Сува Нэдзико[en], Ивамото Мари[en], Масуко Ушиода[en] и многие другие.
В 1930-х годах погиб единственный сын четы Оно, что в дальнейшем привело к разводу.Преподавала (профессор) в Музыкальном институте Тохо и Академии музыки Мусасино[en]. Воспитала для Японии два поколения скрипачей, более тысячи человек.
В 1946 году ученики объединились в музыкальное общество её имени.
В 1959 году за заслуги в музыкально-педагогической деятельности была награждена орденом Священного сокровища четвёртой степени.
В Японии Анну Бубнову-Оно называют «матерью японских скрипачей» .Вернулась в СССР в 1960 году. Вместе с сестрой Варварой жила в Сухуми, преподавала в музыкальном училище.