Джон Боунокер родился в США, в городке Святого Павла, Пикауэй (округ, Огайо) в 1865 году.
В 1883 году поступил в Университет штата Огайо и окончил его с ученой степенью бакалавра в июне 1889 года. Затем работал в университете на различных должностях на факультете геологии до 1892 года. Получил степень доктора геологии в 1897 году и работал в должности профессора неорганической геологии университета Штата Огайо.Был также Главным геологом Штата Огайо и создал первую географическую карту Штата. Своими многочисленными книгами по геологии месторождений полезных ископаемых США заложил основы геологии полезных ископаемых этой страны.