Гастон Эжен Мари Боннье родился в Париже 9 апреля 1853 года.
В 1877 году он защитил диссертацию на тему Nectaires.
В 1886 году Гастон Эжен Мари Боннье стал директором новой ботанической научно-исследовательской лаборатории, которая была создана в Школе высших исследований.
В 1887 году он был назначен на кафедру ботаники на факультете естественных наук в Париже. 1 декабря 1912 года был избран членом-корреспондентом Петербургской академии наук.Гастон Эжен Мари Боннье умер в Париже 30 декабря 1922 года. Гастон Эжен Мари Боннье специализировался на семенных растениях.