Эйген Блейлер родился в швейцарском городе Цолликон в семье богатого фермера Джохана Рудольфа Блейлера и Паулины Блейлер.
В решение Блейлера стать психиатром, возможно, внесло свой вклад психическое заболевание его сестры Паулины Анны Блейлер, которой он впоследствии диагностировал шизофрению.
И Эйген, и Паулина обладали цветным слухом.Блейлер окончил медицинский факультет в Цюрихе в 1881 году. После окончания он работал ассистентом в университетских психиатрических клиниках Waldau и Burgholzli, а также проходил дальнейшию квалификацию в Париже и Мюнхене.
С 1886 по 1898 Блейлер заведовал психиатрической клиникой Rheinau.
В 1898 он перешёл обратно в клинику Burgholzli, которая была ближе к его родному селу. Ею он руководил до 1927 года, будучи также профессором психиатрии медицинского факультета университета Цюриха.