Отец Бланшара был художником и натуралистом, благодаря чему его сын очень рано познакомился с естественной историей. Когда Бланшару исполнилось 14 лет, Жан Виктор Одуэн (1797—1841) предоставил ему доступ в лабораторию Музея естественной истории в Париже.
С 1844 по 1847 год он сопровождал Анри Мильна-Эдвардса (1800—1885) и Жана Луи Армана де Катрфажа де Брео (1810—1892) в экспедиции по изучению биологии океана в Италию и Сицилию.10 февраля 1862 года Бланшар стал членом секции анатомии и зоологии Академии наук, а в 1883 году — президентом Академии.