Исаак Бекман родился в городе Мидделбурге (Нидерланды, провинция Зеландия) в семье убеждённых кальвинистов. После получения начального образования в родном городе был отправлен для изучения теологии, литературы и математики в Лейден. Среди его учителей были выдающиеся учёные Виллеброрд Снелл и Симон Стевин. После завершения образования некоторое время занимался бизнесом, основав завод по изготовлению свечей, где попутно занимался также постановкой различных физических опытов.
В 1616 году завод был продан, и Бекман отправился в город Кан (Нормандия), где вплоть до 1618 года изучал медицину.
В 1618 году некоторое время жил в городе Бреда, где познакомился с Декартом, на которого оказал большое влияние.
В 1618—1619 годах Бекман был помощником ректора в городе Вере, где он принимал участие в астрономических наблюдениях знаменитого астронома Филиппа ван Лансберга.
С 1619 по 1620 год работал помощником ректора в Утрехте.
С 1620 по 1627 год преподавал в латинской школе в Роттердаме, где он основал технический колледж («Collegium Mechanicum» ).
С 1627 года вплоть до своей смерти в 1637 году был ректором латинской школы в Дордрехте, где среди его учеников был, в частности, выдающийся голландский государственный деятель Ян де Витт.