Родился в Мехико. Его родители — Йосеф и Эстер Бекенштейн — эмигрировали в Мексику из Польши. Ещё в детстве переехал с семьёй в США. Высшее образование получил в политехническом университете Бруклина, Нью-Йорк, степень доктора — в Принстонском университете в 1972 году.
В 1974 году переехал в Израиль, где стал преподавать физику в университете им. Бен-Гуриона.
С 1990 года преподавал в Еврейском университете.
В 2015 году был удостоен премии Эйнштейна от Американского физического общества за новаторскую работу по энтропии черных дыр и усилий по объединению квантовой механики и гравитации. Умер 16 августа 2015 года в Хельсинки.Бекенштейн имел троих детей. Все трое детей стали учеными. Бекенштейн был известен как человек религиозный: «Я смотрю на мир как на произведение Бога, Он установил конкретные законы и мы восхищаемся ими, познавая их через научную работу» .