Учился в Пражском и Парижском университетах.
В Париже учился в лаборатории Марии Кюри, интересовался радиоактивностью. Вернулся в Прагу из Парижа в 1922 году. При поддержке М. Кюри организовал институт радиологии. Почти год занимался научной работой на урановых шахтах в Яхимове. Занимался электричеством и радиоактивностью атмосферы.
В 1926 году принимал участие в экспедиции Руаля Амундсена к Северному полюсу на дирижабле «Норвегия» (к полюсу не летал, работал на Шпицбергене).Дирижабль N-1 «Norge» В 1928 году участвовал в возглавленной Умберто Нобиле экспедиции на Северный полюс на дирижабле «Италия» , после аварии дирижабля вместе с другими членами экипажа дрейфовал на льдине в «красной палатке» и был спасён советским ледоколом «Красин» . Пережитые драматические события он изложил в книгах «Семь недель в полярных льдах» и «Трагедия в Ледовитом океане (Дирижабль на Северном полюсе)» .
В 1933—1954 гг. — на научной работе в институтах Праги.
С 1954 г. — профессор Чешского технического университета, с 1951 г. — заведующий Институтом онкологии, с 1956 г. — заведующий отделом дозиметрии ионизирующего излучения Института ядерной физики АН ЧССР.
С 50-летнего возраста по приглашению министерства иностранных дел сотрудничал в ЮНЕСКО.Автор книги «Трагедия в Ледовитом океане (Дирижабль на Северном полюсе)» и других книг и публикаций.
В советско-итальянском фильме Михаила Калатозова «Красная палатка» (1969) роль Франтишека Бегоунека исполнил Юрий Визбор.