Родился в семье Салямонаса Банайтиса, издателя, банкира и общественно-политического деятеля.Учился в литовской школе, основанной его отцом, позже в русской гимназии, брал частные уроки музыки в 1911—1914 гг. Посещал музыкальную школу. Учился игре фортепиано (класс Е. Лопушки-Вилерзинской), теории музыки. Весной 1914 г. впервые участвовал в публичном концерте.После начала Первой мировой войны был эвакуирован в глубины России в Рославль (Смоленская губерния). Здесь в 1914—1915 гг. учился в мужской гимназии. Поступил в 1915 г. на юридический факультет Санкт-Петербургского университета, но в том же году вернулся в Литву и недолго остался в Вильнюсе.Осенью переехал в Каунас, преподавал историю, географию, латынь, немецкий и французский языки в первой литовской гимназии, основанной его отцом. Основал хор из 40 участников (1916), который с успехом выступал на родине композитора.Продолжил обучение в Пражской консерватории, с 1922 по 1928 год изучал философию и историю искусств в Лейпцигском университете. Окончил Лейпцигскую консерваторию, где изучал композицию под руководством Зигфрида Карг-Элерта.
В 1928 году вернулся в Каунас. Затем с 1933 года преподавал гармонию, теорию музыки и фортепиано в Каунасской консерватории. Профессор (с 1937).
В 1937—1943 годах (с перерывом) — директор консерватории в Каунасе.
С 1944 по 1949 год жил в Германии, затем переехал в Нью-Йорк.