Карлос Багер родился в Барселоне в 1768 году. О его происхождении известно мало.
Он был племянником Франческо Маринера, органиста Собора в Барселоне. Дядя и стал его наставником в музыке.
В неполные 18 лет, с 1786 года, Багер начал заменять его в работе. А после смерти Маринера, в 1789 году, Багер получил должность органиста Собора, которую занимал до самой смерти.Интерпретации и импровизации для органа принесли ему большую известность, но наиболее важный вклад заключается в его деятельности как композитора.Произведения Багера делают его вместе с Луиджи Боккерини и Гаэтано Брунетти, главным симфонистом Испании в классическую эпоху.Большая часть его симфоний написана явно под влиянием итальянских и немецких мастеров — в том числе Йозефа Гайдна и Плейеля.Некоторые из его учеников стали довольно известными музыкантами: Мэтью Феррер, сменивший Багера в должности органиста Собора, Рамон Карницер (между 1806 и 1808) и, возможно, Бернат Бертрана.
Он умер в 1808 году, в день, когда французские войска заняли крепость Барселоны.Багер создал 19 симфоний, 10 ораторий, сонаты для фортепьяно, трубы и духовную музыку.