Учился на архитектурных факультетах университетов в Делфте и Амстердаме у Петруса Губерта Кийперса и у Теодора Фишера в Мюнхене.
В 1914 году обосновывается в Лейдене, где знакомится с Тео ван Дусбургом.
В 1917—1921 годы Якобус Ауд член группы «Стиль» (De Stijl), сотрудничает с ван Дусбургом, публикуя в его художественном журнале «De Stijl» статьи по современной архитектуре (в 1917—1920 годах).
С 1918 по 1933 год занимает должность городского архитектора Роттердама. Кварталы спроектированных зданий для этого города и его окрестностей принесли Ауду международную известность и сделали одним из ведущих архитекторов так называемого «интернационального стиля» .
В 1954 году Якобусу Ауду присваивается звание почётного доктора архитектуры при Делфтском техническом университете.