Родился 5 октября 1966 года в Париже в семье сын Елены Дмитриевны Клепининой-Аржаковской, дочери священника Димитрия Клепинина.Окончил Высшую школу социальных наук (EHESS). Научный сотрудник (research fellow) богословского факультета Католического университета Лувена (Бельгия). Работал в группе по изучению русской эмиграции при Институте славяноведения (фр.)русск. в Париже.
В 1994—1998 годы — директор Французского университетского колледжа при МГУ в Москве.
В 1998 году переезжает в Киев, где до 2002 года работал атташе по культуре и образованию посольства Франции на Украине и содиректором Французского культурного центра в Киеве.
В 2000 году в Высшей школе социальных наук получил докторскую степень по истории за диссертацию «Les intellectuels russes en France. La revue la Voie (Put), revue de la pensee religieuse russe (1925—1940)» , которая писалась под руководством Ютты Шеррер. Диссертация издана на русском языке в 2002 году под названием «Журнал Путь (1925—1940). Поколение русских религиозных мыслителей в эмиграции» .
В 2002 году, «проведя четыре года в Киеве, я переехал во Львов, где я обнаружил яркую Греко-Католическую Церковь, наследницу Православной Церкви Киева, которая осталась верной единству Флорентийского собора в 1439 году» . Стал профессором Украинского католического университета во Львове.
В 2004 году вместе с Иваном Дацко основал Институт экуменических исследований при Украинском католическом университете во Львове и стал его директором: «Мне удалось основать в Украинском Католическом Университете первый Институт экуменических студий в мире, созданный на православной земле. При поддержке епископов и православных, католических и протестантских деятелей мы учредили степень магистра в области экуменических студий, экуменический web-журнал на русском и украинском (www.dukhovnist.in.ua), ежегодную Экуменическую социальную неделю, а также множество симпозиумов, фильмов и публикаций» . Возглавлял данный институт в течение семи лет. За время его руководства Институтом экуменических исследований во Львове были проведены три Экуменически-социальные недели, участие в которых принимало высшее руководство церквей и общественных организаций, а также был начат конкурс «Репортеры надежды в Украине» на лучший репортаж или статью, «информацию-носителя решений» (информацию, затрагивающую важные вопросы нашего общества, и дающую на них реальные ответы, показывающую пути решения проблем и побуждающую людей к действиям).22 июня 2011 года в Украинском католическом университете состоялись торжества по случаю завершения его деятельности на посту директора Института экуменических студий. За весомый вклад в распространении экуменизма и христианских ценностей в публичных сферах во время семинара «Института экуменических студий — 7 лет: итоги деятельности и перспективы развития» советник городского головы Львова Богдан Панкевич от имени мэра Львова Андрея Садового наградил его «Золотым гербом Львова» . Сам аржаковский сказал: «Я ухожу, потому что пришло время, чтобы в ИЭК пришел новый человек, потому что в Украине уже выполнил свою миссию — здесь есть достаточно людей, которые имеют экуменический опыт, а также денежный фонд, который насчитывает 450 000 долларов <…> Меня пригласили в Париж в колледж бернардинцев, который является старейшим в мире. Там работать в направлении политического богословия. Хочу возродить, то сейчас актуальным — связь между демократией и духовностью» .
В сентября 2011 года становится директором по научным исследованиям Колледжа бернардинцев (Париж).
В январе 2014 года выступил с резко критической статьёй в отношении Русской православной церкви, где критиковал её за осуждение Евромайдана на Украине, позицию по первенству в православии, которая признавала за Константинополем лишь первенство чести, антиэкуменизм и т. д.1 января 2015 года в числе группы русских эмигрантов Антуан Аржаковский подписал обращения «Солидарность с подлинной Россией» .
В нём, в частности, говорится: .mw-parser-output .ts-Начало_цитаты-quote{float: none;padding: 0.25em 1em;border: thin solid #eaecf0}.mw-parser-output .ts-Начало_цитаты-source{margin: 1em 0 0 5%;font-size: 105%}.mw-parser-output .ts-Начало_цитаты-quote .ts-oq{margin: 0 -1em -0.25em}.mw-parser-output .ts-Начало_цитаты-quote .ts-oq .NavFrame{padding: 0}.mw-parser-output .ts-Начало_цитаты-quote .ts-oq .NavHead,.mw-parser-output .ts-Начало_цитаты-quote .ts-oq .NavContent{padding-left: 1.052632em;padding-right: 1.052632em}Эмигрантские объединения, СМИ и молодёжные организации в Париже, Лондоне или Нью-Йорке выступают за Россию Пушкина и Сахарова, а не за Россию Дугина и Зюганова. <…> Называющие себя в письме наследниками русской эмиграции и поддерживающие сегодня политику Владимира Путина в качестве главного аргумента выдвигают то, что украинское руководство осуществляет военную операцию в Донбассе.
Но они должны знать, что агрессором является Россия: ведь те вооруженные люди, которые захватили Крым и сегодня дестабилизируют положение в Донбассе, — россияне. Они должны знать, что нынешнее украинское руководство ведёт оборонительную и антитеррористическую борьбу и — в отличие от предыдущего правительства — предусматривает политическую децентрализацию..mw-parser-output .ts-Конец_цитаты-source{margin: 0.357143em 2em 0 0;text-align: right}В марте 2016 года выступил инициатором обращения с «покаянием» перед УГКЦ и осуждением Львовского собора: «Мы смиренно просим прощения за все несправедливости, жертвами которых они стали под прикрытием авторитета Православной Церкви, и склоняем наши головы перед мучениками Украинской Греко-Католической Церкви» .
В декабре 2017 года вместе с ещё 11 общественными активистами написал открытое письмо к главе Высшего совета по аудиовизуальным средствам Франции Оливье Шрамеку с требованием отозвать лицензию на вещание у канала RT France. По мнению авторов письма Russia Today «сеет раздор и ослабляет демократию» , а запуск RT France приведет к «путанице в умах и разобщению французов» .