Эдуард Андерсон родился 13 марта 1873 года в Пасленке; с 1893 по 1903 год он учился в Академии искусств в Кенигсберге.
В период обучения он совершил ряд поездок в Нидерланды, Северную Африку, Ближний Восток, а также — в Северную Америку. Будучи пейзажистом, художником и литографом, Андерсон выбирал в качестве объектов для своих работах виды Восточной Пруссии: в частности, города Кенигсберг и Куршской косы.
С 1897 по 1920 год Эдуард Андерсон руководил отделом, содержавшим коллекцию медных работ в Кёнигсбергском университете (Альбертина); с 1910 по 1927 он заведовал коллекциями произведений искусства всего города Кенигсберг.
С 1910 по 1932 год Андерсон являлся секретарем в составе совета по искусству Кенигсберга (Konigsberger Kunstverein). Под его руководством в Кенигсбергском замке была основана картинная галерея; также он основал музей истории города в ратуше «Kneiphofschen Rathaus» , став в 1927 году его первым директором. Эдуард Андерсон скончался в Штаде 5 января 1947 года.