Мария Акимова родилась в селе Глухово, Владимирская губерния.
В 1940 году окончила биологический факультет Московского государственного университета и с 1944 года на преподавательской работе в нём.
В годы Великой Отечественной войны работала в Комитете наук при СНК Киргизской ССР во Фрунзе.Научные исследования посвящены проблемам расогенеза и этногенеза населения Поволжья, Южного Урала и Зауралья.
На территории Чувашии проводила археологические раскопки памятников Балановской и срубной культур, средневековых могильников. Организатор антропологических экспедиций по Башкортостану и Челябинской области (1963—1965, 1967), в ходе которых по дерматоглифическим, серологическим, соматологическим программам было обследовано 1250 башкир.Акимова выделила четыре антропологических типа башкир, которые имеют чёткую территориальную привязку: субуральський тип характерен для северных и северо-западных лесных районов, южносибирский — северо-восточных и зауральских, светлый европеоидный — западных и северо-западных, понтийский — для юго-западных и юго-восточных районов Башкортостана.
На основе собранного палеоантропологического материала (проведены краниологические исследования и реставрация 284 черепов) Акимова сделала вывод о генетической принадлежности башкир к населению Южного Урала I тысячелетия.Автор более 40 научных работ.