Родился 21 марта 1962 года, Йоханнесбург, ЮАР в консервативной мусульманской семье капских малайцев, но в 14 лет ушёл из дома, поджег свою школу в знак протеста против апартеида, за что был приговорён к 9 месяцам тюрьмы.Убеждённый атеист, Заки Ахмат свои политические взгляды во многом заимствовал у Маркса, Ленина и Троцкого.
В 80-е годы он вступил в ряды Африканского национального конгресса.
С 1985 по 1990 годы был членом Марксистской рабочей тенденции в Африканском национальном конгрессе — секции троцкистского Комитета за рабочий интернационал и предшественнице Демократического социалистического движения. Оставаясь членом АНК, он критиковал партию за отход от демократического социализма, коррумпированность и отрицание президентом Табо Мбеки факта существования ВИЧ/СПИД. После падения режима апартеида перед страной встала новая проблема — распространение ВИЧ-инфекции, принявшее в ЮАР масштабы национальной катастрофы.Заки Ахмат к тому времени уже заразился ВИЧ-инфекцией и новым полем его деятельности стал СПИД-активизм.
Он создал организацию «Treatment Action Campaign» , борющуюся с эпиденией ВИЧ-инфекции.
В знак протеста против недоступности антиретровирусных препаратов жителям ЮАР, Заки Ахмат на несколько лет отказался от терапии.
В связи с этим его заболевание перешло в стадию СПИДа и он начал погибать от оппортунистических инфекций. Беспокоясь за его здоровье, Нельсон Мандела лично просил его возобновить лечение.
В результате общественного давления правительство президента Табо Мбеки было вынуждено пойти на уступки СПИД-активистам — оно отказалось от запрета на продажу лекарств в ЮАР, заработали национальные программы по профилактике, а цены на препараты были снижены в разы.
В 2004 году он был номинирован на Нобелевскую премию мира.