Окончил школу в 1950 году.
С 1950 года по 1952 год служил в армии.
С 1952 года по 1956 год учился в Технионе (Хайфа), окончив его со степенью бакалавра. Продолжил обучение в Бристольском университете (Великобритания) под руководством Дэвида Бома, где в 1960 году получил степень доктора философии (PhD).
В 1960—1961 постдок в университете Брандейса (США).
В 1961—1967 работает в Иешива-университете (США) (1961—1964: Assistant Professor; 1964—1967: Associate Professor).
С 1967 года по 1973 год он одновременно профессор Иешива-университета и Тель-Авивского университета.
С 1973 года по 2006 год — профессор Тель-Авивского университета и университета штата Южная Каролина.
В 2006—2008 гг. профессор университета Джорджа Мейсона (США). C 2008 года профессор в университете Чепмена (США).Научные интересы Якира Ааронова лежат в области нелокальных, а также топологических эффектов в квантовой механике и квантовой теории поля. Также в сфере его интересов — вопросы интерпретации квантовой механики.
В 1959 году он (совместно со своим научным руководителем Дэвидом Бомом) теоретически предсказал нелокальный квантовомеханический эффект (впоследствии названный эффектом Ааронова — Бома). Первое экспериментальное подтверждение эффекта появилось уже в следующем, 1960 году.
В 1998 году за это теоретическое открытие Якир Ааронов был награждён премией Вольфа по физике.
В 1988 году, в соавторстве с Давидом Альбертом и Львом Вайдманом, предложил новый тип квантово-механических измерений — слабое измерение, которое позволяет с некоторой вероятностью измерять эволюцию волновой функции, не вызывая её возмущения.Действительный член Американского физического общества (1978).Почётный доктор наук Техниона (1992), университета штата Южная Каролина (1993), Бристольского университета (1997), аргентинского университета Буэнос-Айреса (1999).