Иоганн Эммануил Фердинанд Гизе родился родился 2 января 1781 года в прусском городке Шаумбурге близ Кюстрина; в Берлине и Вене изучал химию.
В 1803 году приехал в Россию. Его пригласили в Харьков, где это время создавался Императорский Харьковский университет. Здесь он создал химическую лабораторию, совершил несколько поездок по югу России для исследования минеральных вод.
С 1805 года — экстраординарный, с 1811 года — ординарный профессор в Харьковском университете; в 1810—1811 годах «читал фармацевтику 4 часа в неделю» .Был избран 5 (17) июля 1809 года членом-корреспондентом Петербургской Академии наук.
С 1814 года — профессор химии в Дерптском университете; проректор (1816—1817) и ректор (1817—1818).И. Н. Лобойко, учившийся в Харьковском университете, писал: «Гизе готовы бы были все слушать, если только все знали немецкий язык, в такой был он славе… Он делал опыты <…> самые трудные с изумительным успехом, но, объясняясь красноречиво и обширно в лекциях своих, он слишком парил и был для нас высок… Вдыхая в себя воздух, наполненный дымом, парами газов, кислот и металлических окисей, он здесь уже расстроил здоровье» .