Родился в Омске, куда из блокадного Ленинграда были эвакуированы его родители, в 1947 году семья возвратилась в Ленинград.
В 1962 году Волохонский поступил в Ленинградский горный институт, но оставил его после первого курса.
В 1963 году сдал вступительные экзамены на геологический факультет ЛГУ. Со второго курса был призван в армию, в 1964-67 годах служил в погранвойсках, после окончания службы продолжил обучение на геологическом факультете. Закончив университет в 1971 году, диплом защищать не стал.Во время учёбы и позже он участвовал в нескольких геологических экспедициях на севере Сибири и в Карелии.
В дальнейшем работал сторожем, слесарем по ремонту лифтов, кочегаром в угольной котельной, приемщиком стеклотары (вместе с бывшим политзаключенным Юрием Таракановым).
С конца 1960-х годов Волохонский обменивался с множеством друзей и знакомых труднодоступной в те годы литературой (общественно-политической, религиозно-философской, исторической, художественной), в том числе самиздатской и тамиздатской, а также русскоязычной литературой, изданной до 1927 года. Некоторые книги он копировал фотоспособом, перепечатывал на машинке или ксероксе.
В 1970-е выпускал машинописный альманах «С бору по сосенке» , включавший в себя, в основном, стихи и рассказы. Сам он писал статьи на религиозно-философские темы, но не распространял их в самиздате.