Иван Васильевич Вологдин родился 14 февраля 1840 года (согласно церковной метрике) в Очёрском заводе (ныне — город Очёр) Оханского уезда Пермской губернии в семье крепостного служителя Строгановых В. Я. Вологдина.
В 1856 году окончил заводское училище, потом получал образование самостоятельно. Большое влияние на формирование его интересов оказал учитель Фёдор Афанасьевич Прядильщиков, живший тогда в Очёре. Работал у Строгановых в Очёрской заводской конторе. Потом обратился к земской деятельности: был гласным Оханского уезного земского собрания, членом Пермской губернской земской управы (c 1877 года). Входил в состав Пермской губернской учёной архивной комиссии и других научно-просветительских обществ. Опубликовал ряд статей по истории и этнографии Пермского края в основном в газете "Пермские губернские ведомости". Скончался в Перми 31 января 1895 года.