Окончил филологический факультет КГУ им. Т. Г. Шевченко (1986).
В том же году поступил в аспирантуру Института русской литературы АН СССР (Пушкинский Дом), в Отдел древнерусской литературы, возглавляемый академиком Д. С. Лихачёвым. После защиты диссертации о переводе византийской Хроники Георгия Амартола (1990) работает там же.Доктор филологических наук (2000), тема диссертации: «Всемирная история в литературе Древней Руси (на материале хронографического и палейного повествования XI—XV вв.)» .
В 2015 году написал текст «Тотального диктанта» .
В июне 2017 года избран почетным доктором Бухарестского университета.По версии газеты Guardian роман Е. Водолазкина «Лавр» вошел в топ-10 лучших книг мировой литературы о Боге.
В рейтинге лучших русских писателей, опубликованном изданием Russia Beyond the Headlines, занял 25 место (самое высокое среди ныне живущих авторов).По версии газеты Metropolis роман Водолазкина "Авиатор" возглавил топ-10 книг, изданных в Румынии в 2017 году.
С 2017 года является колумнистом "Известий".
В 2018 году в Ягеллонском университете прошла Международная научная конференция "Знаковые имена современной русской литературы: Евгений Водолазкин" (Краков, 17-19 мая 2018 года), в которой принял участие 91 исследователь из 19 стран мира: http: //www.klr.ifw.filg.uj.edu.pl/documents/138540843/138590583/Program.pdf/a6ad05c1-a353-42fb-bccf-4196523a8095.Живёт в Санкт-Петербурге; жена — Татьяна Руди, дочь - Наталия Водолазкина.