В 1996 году окончил биологический факультет Пермского университета.
В 2000 году присвоена ученая степень кандидата философских наук.
В 2000 году занял должность ассистента кафедры философии в Пермском университете.
В 2001 году занял должность старшего преподавателя кафедры философии в Пермском университете.
В 2003 году присвоено звание доцента; в 2007 году присвоена ученая степень доктора философских наук и учёное звание профессора.
С 2007 года по 2011 год — декан, с 2012 — заместитель декана по науке философско-социологического факультета ПГНИУ.Главный редактор научного журнала «Вестник Пермского университета. Философия. Психология. Социология» (журнал включён в Перечень рецензируемых научных изданий ВАК РФ; входит в другие российские и международные базы данных: Ulrich"s Periodicals Directory, EBSCO Discovery Service, в электронные библиотеки «IPRbooks» , «Университетская библиотека on-line» , «КиберЛенинка» , «Руконт» , в электронную систему Российский индекс научного цитирования).Член совета по защите диссертаций по философским наукам при Пермском университете (2007—2012), член диссертационного совета Д 212.296.07 (с 2016). Входит в Президиум Учебно-методического совета по философии и религиоведению УМО по классическому университетскому образованию (МГУ им. М. В. Ломоносова). Член Российского философского общества.Входит в состав ведомственной комиссии по оценке результативности деятельности научных организаций, подведомственных ФАНО России, выполняющих научно-исследовательские, опытно-конструкторские и технологические работы гражданского назначения.Эксперт РАН (№ 2016-01-7945-0183) и Оксфордского Российского фонда. Член Совета фестиваля театра и кино о современности «Текстура» .Член-корреспондент Российской академии естествознания (с 2014). А. Ю. Внутских — создатель общей теории селективных процессов (отбора и выбора), весьма актуальной в свете «второй дарвиновской революции» . Ни одна из общеизвестных «универсальных» концепций селективных процессов (например, А. Богданова, К. Поппера, Д. Кэмпбелла, Г. Чико и др.) не дает ответа на вопросы о: связи селективного процесса с интегральным прогрессом наблюдаемым в ходе мирового процесса (обычно отбор понимается как элиминация); способности отбора и выбора эффективно преодолевать бесконечность сферы возможного (обычно селективный процесс понимается как локальный процесс «приспособления» систем к условиям, существующим в данном месте в данное время); закономерностях развития самого селективного процесса по мере совершенствования соответствующих систем (обычно селективный процесс понимается как универсальный механизм — и потому трактуется абстрактно).А. Ю. Внутских ведутся исследования селективного процесса (отбора) как всеобщего и развивающегося эволюционного механизма и конкретно-всеобщей закономерности развития. Показано, что отбор можно рассматривать в качестве специфического взаимодействие таких всеобщих сторон реальности как случайное и необходимое, возможное и действительное, единичное и общее, регресс и прогресс. Разрабатывается общая теория селективных процессов, которая раскрывает механизм связи отбора с прогрессивной направленностью развития, интерпретирует его как подлинно всеобщий механизм, способный «преодолевать» бесконечность мира, а также делает акцент на развитии самого механизма отбора, выделяя его конкретные все более сложные формы в ряду: неживая природа — живая природа — человек и общество.Также с позиций социально-философского подхода проводятся исследования социальных импактов конвергентных технологий. Показано, что широкое внедрение NBIC-технологий представляет собой высшую на сегодняшний день форму всеобщего (научного) труда. Оно не может не привести к серьезным изменениям производственных отношений и социальных институтов, в частности, к масштабной децентрализации производства и разрушению ряда рыночных структур. Исследуются связанные с развитием конвергентных технологий риски. Предложено рассматривать внедрение конвергентных технологий как завершение постиндустриальной трансформации, в ходе которого информационные технологии обретают наконец адекватный своей сущности производственный базис.Неоднократно участвовал по именному приглашению в конференциях всероссийского и международного уровня вне пределов Перми (в том числе в российских философских конгрессах в Москве (2005), Новосибирске (2009), Уфе (2015)).Руководит работой аспирантов и соискателей степени кандидата наук по проблематике: разработка социально-философской концепции выбора в обществе; философия семьи; философский анализ феномена парапсихологии как паранауки.Член президиума учебно-методического совета по философии и религиоведению по классическому университетскому образованию Минобра РФ.А. Ю. Внутских — один из лидеров научного направления «Современная форма научной философии» в ПГНИУ.