Вивес происходил из еврейской семьи новообращённых христиан, и многие его близкие родственники подверглись преследованиям инквизиции, будучи казнены по обвинению в криптоиудаизме. Видимо, в связи с этим Вивес рано покинул родину. Отсюда и его подчёркнутая ортодоксия в позднем трактате «Защита христианской веры» .
Он учился в Парижском университете (1509-1512 годы), жил и преподавал в Англии, во Фландрии и принадлежит скорее европейскому гуманистическому движению, чем Испании.
Он ведал кафедрой латыни в Лувенском университете, где сблизился с Эразмом Роттердамским.
В Англии, по рекомендации Томаса Мора, Вивес получил кафедру в Оксфорде (1522 год), был чтецом у Екатерины Арагонской, писал педагогические трактаты для Марии Тюдор. Противостоял аннулированию брака на Генриха VIII с Екатериной Арагонской. Впал в немилость и вернулся в Брюгге.