Клубная карьераНачал карьеру футболиста в команде «Сьюдад де Мурсия» в 2001 году. Сезон 2002/03 провёл в «Картахене» , которая выступала в третьем испанском дивизионе.
В семнадцатилетнем возрасте сыграл две игры при тренере Мигеле Ривере. Затем Вильянуэва сменил ряд команд из низших дивизионов Испании, среди которых были «Эльче B» , «Бала Азул» , «Масаррон» , «Лас Палас» и «Пуэртояно» .
В сезоне 2008/09 находился в составе «Аль-Васла» из ОАЭ.
В начале 2010 года Хосе перешёл в кипрский «Этникос» из Ахны.
В чемпионате Кипра испанец провёл лишь четыре игры. Летом 2010 года Вильянуэва вернулся на родину, присоединившись к команде «Ориуэла» . Вместе с «Ориуэлой» занял четвёртое место в Сегунде Б, являясь при этом одним из лидеров команды.
В январе 2012 года стал футболистом команды «Лорка Атлетико» , которая по итогам сезона вылетела в четвёртый дивизион.Летом того же года перешёл в марокканский КОДМ Мекнес, однако спустя полгода вернулся в Испанию, где играл за «Торревьеху» и «Пульпилено» .
В 2014 году Вильянуэва являлся игроком итальянской «Ачиреале» , которая выступала в чемпионате Сицилии. Сезон 2014/15 провёл в «Пинатаре» .
В октябре 2015 года присоединился к андоррскому «Лузитансу» , куда его пригласил тренер Хавьер Роура, однако выступать за команду смог только с января 2016 года.
В чемпионате Андорры дебютировал 31 января 2016 года в матче против «Ордино» , испанец забил последний гол в поединке и принёс своей команде победу со счётом (2: 1). Вместе с «Лузитансом» стал серебряным призёром Примера Дивизио.Летом 2016 года перешёл в другой андоррский клуб — «Сан-Жулию» , вместе с другим одноклубником Матео Родригесом.Карьера в сборнойВ составе сборной Мурсии провёл одну игру, 28 декабря 2007 года против Экваториальной Гвинеи (1: 0). За сборную Картахены провёл две игры. Дебют состоялся 28 февраля 2007 в матче против Фарерских островов, тогда Картахена уступила в серии пенальти.
В марте 2009 года сыграл во встрече против сборной Финляндии до 23 лет (2: 0).