Эметерио был сыном Ильдефонсо Вильямиля, почитателя идей французских энциклопедистов.
В 1826 году Ла-Пас посетил британский путешественник (известный биографам Вильямиля как «лорд Беринг» ), изучавший местную этнографию и филологию.
Он стал наставником юноши и предложил ему отправиться в Европу.
В Европе Вильямиль Рада провёл 10 лет, изучил 12 языков (включая латинский, древнегреческий и санскрит) и, вернувшись в Боливию в 1836 году, привёз с собой множество книг по истории и филологии.Дальнейшая жизнь Вильямиля Рады включила в себя множество авантюр и неудачных попыток составить состояние.
Он приобрёл медный рудник в Корокоро, затем, в правление президента Бальивиана, ему пришлось покинуть Боливию и отправиться в Перу, где он занялся хинным промыслом, но неудачно.
В 1845 году он поехал в Калифорнию искать золото, затем оказался в Мексике, несколько лет прожил в бедности в Австралии.Вернувшись в Боливию в 1856 году, он был избран депутатом и в 1857 году даже председателем палаты депутатов, но после захвата власти президентом Линаресом эмигрировал.
В 1861 году вернулся на родину, участвовал в комиссии по определению границы с Бразилией.Последние годы жизни провёл в Рио-де-Жанейро, где покончил с собой, бросившись в океан. Незадолго до этого, 20 марта 1875 года, все его рукописи погибли при пожаре президентского дворца в Ла-Пасе.