Родился в Шотландии, сын мастера-кузнеца Якова Вильсона.
В России с 1784 года.
С 1790 года офицер корпуса корабельных инженеров, помощник К. К. Гаскойна служил в Царском Селе, Сестрорецком, Луганском, Александровском и Ижорских заводах.
С 1799 года управляющий, а с 1806 года начальник Императорской Александровской мануфактуры, одновременно с 1821 года начальник Императорской Карточной фабрики и с 1827 года начальник Ижорских заводов.
В 1826 году произведён в генерал-майоры, в 1829 году в генерал-лейтенанты.
В 1853 году произведён в инженер-генералы с назначением членом Мануфактурного совета. Был награждён всеми российскими орденами вплоть до ордена Святого Александра Невского с бриллиантовыми знаками пожалованные ему 23 июля 1856 года.Примечания Энциклопедия Санкт-Петербурга Вильсон Александр Яковлевич // Высшие чины Российской Империи (22.10.1721-2.03.1917). — Москва: [сост. Е.Л. Потёмкин] типография, 2017. — Т. 1. — 281 с.