Юхан Вийдинг родился 1 июня 1948 года в Таллине в семье Линды и Пауля Вийдинг. Его отец Пауль был известным в Эстонии поэтом, принадлежавшим к влиятельной группе под названием Arbujad (с эст.—«Вещуны» ), состоявшей из восьми молодых поэтов, возникшей перед началом Второй мировой войны. Юхан был младшим из четырёх детей и единственным мальчиком среди трёх более старших сестёр — Реэт, Анни и Мари, неугомонным и не по годам умным ребёнком.
С 1968 по 1972 год Вийдинг изучал театральное искусство и драматургию в Таллинской государственной консерватории.
В 1980 году подписал "Письмо 40-ка" — воззвание сорока эстонских интеллектуалов против политики русификации в Эстонской ССР.21 февраля 1995 года Юхан Вийдинг покончил жизнь самоубийством.