Родился в еврейской семье. Его отец Люсьен Видаль-Наке участвовал в деле Дрейфуса в качестве адвоката. После оккупации Франции во время Второй мировой войны отец и мать Видаля-Наке участвовали в движении Сопротивления, но в мае 1944 года были арестованы и отправлены в концентрационный лагерь Освенцим, где погибли.Видаль-Наке окончил колледж Карно в Париже, затем изучал историю в университетах Кана и Лилля.
В молодые годы он находился под значительным влиянием сюрреализма и уже в 18-летнем возрасте основал с Пьером Нора, также известным историком в будущем, издание «Imprudence» .