Родился в 1968 году в Свердловске. По окончании обучения в школе в 1985 году поступил в Уральский государственный университет.
С 1987 по 1989 год служил в Советской армии (отсрочка студентам в те годы была отменена).
В 1992 году окончил учёбу в университете, а с осени 1994 года устроился работать там же преподавателем.
В 1997 году защитил кандидатскую диссертацию на тему «Влияние динамических процессов на химическую эволюцию газо-звёздных систем» в Астрокосмическом Центре ФИАН.
В 2004 году стал доктором физико-математических наук, тема докторской диссертации: «Химическая и динамическая эволюция дозвёздных и протозвёздных объектов» .
В 2016 году получил почётное учёное звание профессора РАН. Входит в состав редколлегии журнала «Природа» . Научная работа Д. З. Вибе включает следующие направления: исследование химической структуры протозвёздных объектов и протопланетных дисков;разработку модели ионизационной структуры протопланетного диска у звезды типа Т Тельца;исследование химической структуры эволюционирующего диска с учётом процессов перемешивания и роста пылевых частиц;наблюдение и самосогласованное химико-динамическое моделирование дозвёздных и протозвёздных объектов;наблюдательное исследование эволюции пыли во внегалактических комплексах ионизованного водорода.