Родился в семье дьячка Введенской церкви села Верюга. Благодаря чему Иоанн получил топонимическую фамилию — Верюжский. Отец Иоанна умер рано.
В 1832 года Иоанн, как сирота, поступил учиться Вельское духовное училище, которое окончил в 1836 году.
В этом же году поступил учиться в Вологодскую духовную семинарию, которую окончил 24 сентября 1842 года по первому разряду. 24 сентября 1842 года епископ Вологодский и Великоустюжский Иринарх рукоположил Верюжского в священника, после чего иерей Иоанн был назначен сверхштатным священником церкви Рождества Христова села Шадринское (Шадрино) Вельского уезда.
С 16 января 1846 года по 1848 Иоанн был учителем Шадринского сельского училища, где преподавал безвозмездно. 10 октября 1848 из-за жалобы прихожан Верюжского перевели и сделали сверхштатным священником Богоявленской церкви села Пежма Вельского уезда.
В 1857 году умерла жена Иоанна и он остался один, воспитывая семь детей; старшей его дочери было 14 лет.
В 1860 по 1863 год Иоанн был учителем в Василистовском сельском училище, с 1863 по 1867 год он был катехизатором при Троицком соборе города Вельска.
В 1864 году умерла старшая дочь Верюжского от родов.
На Иоанна была подана жалоба от прихожан в Вологодскую консисторию о событиях десятилетней давности: Иоанн промедлил и не успел крестить младенца, из-за чего последний умер некрещёным; кроме того, совершил погребение умершей крестьянки, не напутствовав ее перед смертью. Рассмотев жалобу, консистория вынесла решение: «О. Иоанна Верюжского по окончании сельских работ послать в вельский собор на усмотрение в поведении через настоятеля собора... сроком на один месяц» . 1 января 1865 года Верюжский написал ходатайство об отмене наказания правящему архиерею Вологодскому и Тотемскому Христофору. Епископ удовлетворил прошение Иоанна. 4 декабря 1867 года Иоанна перевели и сделали вторым штатным священником Троицкой церкови села Верхняя Тойма Сольвычегодского уезда. После прочтения пробных лекций в Вологодском духовном училище Иоанн занял первое место среди трёх кандидатов учительской должности, 18 сентября 1868 года он был назначен священником и пятым наставником Вологодского духовного училища на жалованье.
С 14 декабря 1868 года он — учитель латинского языка, с 1869 года Иоанн — преподаватель краткого катехизиса, Священной истории, чтения, пения и чистописания, с 7 июля 1869 он вновь — учитель латинского языка в училище.
С 1871 года Верюжский публиковал свои сочинения в «Вологодских губернских ведомостях» . Верюжский. «Исторические сказания о жизни святых, подвизавшихся в Вологодской епархии, прославляемых всею Церковию и местно чтимых» . 1880 год Во время преподавания в училище Иоанн начал работать над главной своей книгой «Исторические сказания о жизни святых подвизавшихся в Вологодской епархии прославляемых всею церковью и местно чтимых» , которая будет издана в 1880 году. Книга была создана по благословению архиепископа Вологодского и Велико-Устюжского Феодосия. Для того чтобы написать сочинение Верюжский ездил по Вологодской епархии, посещал церкви и монастыри, собирая церковные летописи, списки житий, устные предания, сличал и анализировал их. Книгу помогали писать Иоанну младшие дочери, которые переписывали книгу.
В 1875 году Верюжский оставил должность учителя и стал приходским священником Вологодской Введенской церкви.
В 1882 году Иоанн уехал из Вологды в Санкт-Петербург и поступил в братство Александро-Невской лавры, где принял монашеский постриг с сохранением имени.
В 1886 году стал настоятелем Кирилло-Новоезерского монастыря.
В конце XIX века архимандрит Иоанн совершил паломничество в Святую землю, после этого, в 1898 году, написал книгу «Девять бесед на Святой земле» .
В 1901 году архимандрит Иоанн ушёл на покой и вернулся в Александро-Невскую лавру, где жил до своей смерти, до 1 января 1907 года.
Он похоронен на Братском участке Никольского кладбища Александро-Невской лавры, могила его сохранилась.