Юлиус Велльгаузен родился 17 мая 1844 г. в Хамельне (Германия) в семье протестантского (лютеранского) пастора. Начальное и среднее образование получил в школах Xамельна и Ганновера.
В 1862 г. он поступил на теологический факультет Гёттингенского университета, где под руководством Г. Эвальда изучал Ветхий Завет и восточные языки.
В 1870 г. Ю. Велльгаузен защитил докторскую диссертацию и стал приватдоцентом Гёттингенского университета.
В 1872 г. он получил должность профессора Грайфсвальдского университета. Когда в 1878 году вышло в свет его «Введение в историю Израиля» , он был лишен профессорской кафедры богословия и стал преподавателем древневосточных языков.
С 1882 по 1885 г. Ю. Велльгаузен преподавал на философском факультете университета в г. Галле. Затем он был приглашен в Марбургский университет, а с 1892 г. до конца своей жизни занимал должность профессора Гёттингенского университета.Умер 7 января 1918 г. в Гёттингене.