До 1844 г. учился в Страсбурге, затем поступил в Парижскую консерваторию, где учился вокалу у Антуана Поншара и композиции у Фроманталя Галеви. Некоторое время преподавал там же вокал, в 1850—1855 гг. один из хормейстеров парижского Общества святой Цецилии.
С 1863 года помощник консерваторского библиотекаря, в 1876 году после смерти Фелисьена Давида занял должность заведующего библиотекой Парижской консерватории и исполнял соответствующие обязанности вплоть до своей тяжёлой болезни в 1909 году; в 1885 г. опубликовал каталог библиотеки.Композиторское наследие Векерлена включает в себя, прежде всего, некоторое количество опер, преимущественно комических и одноактных, начиная с «Органиста в затруднении» (фр. L"Organiste dans l"embarras); часть опер Векерлена написана на либретто на эльзасском диалекте. Однако наибольшую известность принесли ему обработки и переложения французских народных песен, собранные в издании «Пастушеские напевы, романсы и песни XVIII века» (фр. Bergerettes, romances et chansons du XVIIIe siecle; 1860). Кроме того, Векерлен написал монографию «История инструментовки с XVI века до настоящего времени» (фр. Histoire de l"instrumentation depuis le seizieme siecle jusqu"a l"epoque actuelle; 1875).