Емельян Иванович Василенко родился в январе 1901 года в станице Роговской на Кубани в семье украинца, бедного казака, Ивана Дементьевича Василенко. Окончив 4 класса, был вынужден бросить школу и пойти батрачить. После прихода к власти большевиков 17-летний Емельян вместе с отцом и старшим братом Афанасием вступил в красногвардейский отряд. Защищал Екатеринодар (нынешний Краснодар) от генерала Корнилова. Отец Емельяна, оставшийся в станице, был убит белогвардейцами, мать схвачена и подвергнута пыткам.Емельян Василенко воевал в составе Таманской армии, участвовал в её походе августа — сентября 1918 года, в боях под Белореченской, Армавиром, Ставрополем. Затем воевал в составе войск Южного фронта. Весной 1920 года в составе Красной армии вернулся на на Кубань, в частности, участвовал в отражении «улагаевского» десанта.По окончании Гражданской войны Василенко остался на сверхсрочную службу, закончил курсы красных командиров, затем пехотную школу командного состава РККА.После окончания учёбы командовал взводом, ротой, батальоном, полком. Участвовал в освобождении Западной Украины, советско-финской войне.
В октябре 1938 года назначен командиром 96-го стрелкового полка 87-й стрелковой дивизии; к началу Великой Отечественной войны имел звание подполковника.